20世纪初，清政府在云南设立新军暂编陆军第十九镇（辖第37、38协），以守卫边疆、强化统治。清政府未曾想到的是，辛亥革命到来，新军推翻了清政府在云南的统治。1915年，滇军又率先反对袁世凯称帝，打响了护国运动的第一枪。由此，滇军一时名噪全国。
从滇军到护国军
“护国军，事实上就是滇军，是清末新军第十九镇。辛亥革命时，新军第十九镇基本上就是辛亥革命的主力。辛亥革命后，这支军队就改编为云南军队，我们习惯称之为滇军。”原云南省史学会会长谢本书介绍，“滇军，其实并不是一个官方赋予的正式番号，而是老百姓把这支辛亥革命后的云南军队称为滇军。”
关于滇军的作战能力与军事素质，云南陆军讲武堂研究会理事陈秀峰认为，“从云南军校教育到军队教育都贯穿了一条科学性、开放性、灵活性的治学治军原则。在护国、靖国战争及滇南剿匪中，许多讲武堂出身的官佐都创造了灵活机动的战略战术，克敌制胜，行之有效。”
陈秀峰介绍，曾任过讲武堂军事教官的著名军事理论家杨杰将军曾说过：“滇军能打，尤善变，主要是带兵官佐在讲武学校受过系统理论熏陶和频繁野战演习，胆识过人，战术意识比较强，逢到危急时，潜在的训练积累就会产生超常的勇气和智慧”。所谓的“以学堂作战场，将战场作学堂，以学助战，以战推学，学战结合，战学互补。”由他们带领这样教育训练出来的军队，最终成就了“国之劲旅”和“抗日劲旅”之美名。
1921年，一位德国观察家在《香港日报》评论说，他见过的“中国军队中，滇军战斗力最强；特别是滇军军官比广西、广东军官显然要高明得多。”滇军在素质上“优越得多的原因是他们在讲武学校受过严格的训练，他们在学校学习炮术和读图，认真进行夜间演习……”
“护国战争期间，滇军正式改编为护国军。”谢本书介绍，护国军在护国战争中主要分为三军。第一军以蔡锷为总司令，第二军以李烈钧为总司令，第三军以当时的云南护国军政府都督唐继尧为总司令。“三军之中以蔡锷将军率领的第一军为主力，人数大概有五六千人”，而“护国军第二、三军的人数相比于第一军的人数更少。军械方面，也是第一军的武器较好。”谢本书介绍，第一军当时下设四个梯团（相当于旅），其中三个梯团为云南军队，第一军中武器较好的为第一、第二梯团；因此，护国军的主力主要集中在第一军的第一、第二梯团。
《护国史话》一书中有这样的一段记述：当护国军由昆明出发时，绅商各界和青年学生两千余人集中在状元楼热烈欢送。许多女学生还送毛巾给出征官兵。在行军途中，群众纷纷向部队送茶水。群众的热烈支持，给部队很大鼓舞，士气高昂。
叙府得而复失 冯玉祥暗中反袁
护国军在刚刚出师时，进攻还是比较顺利，并于1916年1月21日，成功占领叙府（今四川省宜宾市），取得了“护国军出师后的第一场大胜”。
1915年12月9日，邓泰中、杨蓁率先借剿匪为名秘密出征，途中奉命改编为护国军第一军第一梯团一、二支队。1916年1月17日，一梯团进入川滇结合部，打响护国第一枪，首战告捷，占领燕子坡、捧印村等地，18日占领横江，19日占领安边，21日兵不血刃，占领叙府。史料记载，袁世凯闻讯后又惊又恐，下令前线官兵摘去军帽戴罪立功。又分别派部队从东南西北进攻叙府，“悬赏50万元，务必一举夺回叙府。”在长达20多天的时间里，护国军一梯团2000人与北洋军15000人周旋，“以少击众，屡战屡胜，令敌人闻风丧胆。”战后，邓、杨两人获陆军少将军衔，得文虎章和嘉禾章。
在进攻泸州之时，留守叙府的护国军有一个梯团(加上昭通地区支援叙府的一个营，此时，在叙府的护国军只有五个营的兵力)。蔡锷率领的二、三梯团在向泸州进攻时与北洋军的兵力悬殊过大，遭到严重挫折。北洋军熊祥生旅化装成难民渡过长江，“护国军当时没有注意”，就把护国军压缩在泸州以南大约20里地的一个县城——纳溪。蔡锷紧急调派叙府的护国军支援纳溪。“在叙府，护国军有5个营，先后被调走了4个营，固守叙府的护国军就只有1个营。”在这种情况下，北洋军冯玉祥部队又重新向叙府反攻，最终夺取了叙府。
“冯玉祥当时是北洋军第十六混成旅旅长（一个混成旅相当于我们的一个梯团兵力，但是混成旅人数比正规旅的人数多），冯玉祥在重新占领叙府后，形势对北洋军极为有利。”当时云南内部极度空虚，叙府到达云南又有地缘优势，如果当时冯玉祥的兵力进一步向云南进攻，“情况极为不妙”。再者，如果冯玉祥部调头向泸州已经处于困难的护国军进攻的话，护国军也相当危险。
但是，重新占领叙府的冯玉祥并没有往云南走，也没有向泸州开拔，“他的政治态度发生了重大转变。”谢本书坦言，冯玉祥在北洋内部是一
个比较同情民众的将军，且反对袁世凯称帝。他虽然占领了叙府，但是下令停止前进，不再向护国军进攻，而且还暗中派人与蔡锷联系，表示将在适当的时候支援蔡锷。同时，冯玉祥还派人劝说四川方面独立。
棉花坡战役 朱德从团长升旅长
朱德率部队离开昆明时，蔡锷令其“除去休息，火速兼程前进”，部队以每日近百里的速度赶往前方。在战争最困难的时候，第三梯团第六支队长朱德接替董鸿勋任第二梯团的第三支队长(武器较好)，奉命守卫四川泸州棉花坡，同据守红庙高地的北洋军对峙。
“当时在泸州纳溪城郊东北部大约5公里左右，有个高地叫做棉花坡，高地本身只是一个丘陵地带，但确是一个相对的制高点。”谢本书说，“棉花坡战斗是护国战争中关键性的一战。”
“当时双方部队距离只有100公尺左右”，北洋军依仗械弹充足，以猛烈火力昼夜不停地轰击护国军阵地，“击落的松针在地上厚积数寸”。朱德鼓励部队说：“北军师出无名，从平原跑到山地来，连走路都成问题，而我们是反袁义师，胜利一定是我们的”。最终，朱德在棉花坡坚持了20天，粉碎了北洋军的进攻，稳固了纳溪阵地。李根源的孙子李成兴告诉我们，“就是泸州一战，朱德从团长荣升为旅长。”而也是这一战，令朱德在日后还曾感慨道：“打大仗我还是在护国战争中学出来的。”
护国军的最后胜利
双方兵力均已疲惫时，蔡锷曾要求唐继尧支援，唐却无力接济。处境困难的蔡锷向秘书长李曰垓抱怨说：“枪枝多破损，未能刻日修理；衣服褴褛，未能换给；弹药未能悉加补充，而饷项已罄。” 护国军撤至叙永修整，病重(说话已不能出声)的蔡锷亦将总司令部撤退至永宁叙蓬溪(今天改名为护国镇)永宁河的大船上，并在此发动总攻命令。
1916年3月15日，广西将军陆荣廷宣布独立。至此广西、贵州、云南连成一片，成了护国军的后方支援，大大鼓舞了前线护国军的士气。护国军对泸州发动了第二次进攻。
“几天之内，护国军打到长江边上，重新占领纳溪，但是没能把泸州拿下。”谢本书坦言，护国军兵力有限，因此打到长江边就没有继续打下去了。而北洋军也伤亡惨重。“张敬尧部队团以下军官只剩下一个团长，其他全部伤亡。”双方停战，在长江两岸对峙。
1916年 6月6日，停战期满，正好袁世凯死。次日，黎元洪继任大总统，宣布恢复民国元年约法。7月14日军务院撤销，护国运动结束。
